最新版を試してみました。
詳細設定ダイアログの下の説明文に書かれているようにATOKでは「切替方法B」でないとIMEのモードは確かに戻りませんでした。
でもこれで、WordPressエディターでIMEをオフにし忘れても、カーソル位置がおかしくなってしまう問題は出なくなりました。
全くIMEを使用したくない場合は「直接入力」にすれば良いので、僕のやりたいモードにもできるようになりました。
あとひとつ気になったんですが「詳細設定」の「音声入力時の入力モード切替」という設定のキャプションは、Sokki Voice自体の入力モードなのか、IMEの入力モードなのか初めて使った人には分かりづらいかもしれません。
「音声入力時のIME入力モード切替」等々にキャプションを変更したほうが初見の方にも分かりやすいかもしれません。